Sau khi hoàn thành xây dựng và bắt đầu tích nước vào đầu năm 2012, thân đập bị thấm nước.[5] Các nhà khoa học cho biết lượng nước thấm qua đập thủy điện Sông Tranh 2 đã gấp 5 lần mức cho phép, rất nguy hiểm[6].

Bên cạnh việc nước thấm qua đập, trong tháng 9 và 10 năm 2012, hàng loạt các đợt địa chấn xảy ra trong khu vực có thủy điện được cho là động đất kích thích, một kiểu động đất xảy ra do quá trình tích nước của các hồ chứa nước.[7] Đa số các trường hợp động đất kích thích xảy ra khi độ cao cột nước trên 100m, tuy nhiên cũng có những trường hợp độ cao cột nước thấp hơn vẫn xảy ra kiểu động đất này, ví dụ như đập Maraton, Hy lạp cao 67 mét (độ lớn động đất 5,7), đập Camarillas, Tây Ban Nha cao 49 mét (động đất 4,1), đập Kerr, Mỹ cao 60 mét (4,9), đập Clark Hill cao 60 mét (4,3). Kiểu động đất này thường kết thúc sau 2-3 năm đến 5 năm kể từ khi hồ chứa đi vào hoạt động.[8]